ECサイトの運営に取り組んでいるものの、業務が複雑化し、人力も時間も不足している…… 代行会社に委託したいと思っても、どの会社を選ぶべきか、費用面で不安がある……
そんな悩みはありませんか。 特に複数モールでの販売や、広告・SNS運用まで含めると、社内リソースだけで対応するのは容易ではありません。こうした背景から、運営にかかる負荷を軽減するために代行サービスの導入を検討する企業が増えています。 本記事では、おすすめのEC運営代行会社16社を厳選し、サービス内容と費用相場をわかりやすく整理しました。商品登録や顧客対応といった日常業務から、広告戦略やコンサルティングまでを一括で任せることで、効率的な運営と売上拡大を実現できます。自社に最適なパートナーを見つけるための参考にしてください。
目次1:ECサイト運営代行サービスとは 2:EC運営代行を活用するメリット・デメリット 3:EC運営代行を活用する前の注意点 4:利用料金体系の種類 5:おすすめEC運営代行業者一覧 5.1: 総合型(フルサポート型) ①株式会社Wacworks ②株式会社Finner ③株式会社idiom ④ジャグー株式会社 ⑤株式会社pureflat ⑥株式会社GROOVE ⑦株式会社いつも ⑧NE株式会社 ⑨FORCE-R株式会社 ⑩株式会社a general studio (AGS) ⑪ネットショップ総研 ⑫株式会社サイバーレコード 5.2:モール特化型(Amazonのみ対応) ①アグザルファ株式会社 ②株式会社そばに ③株式会社しるし ④アマプースト6:代行以外の選択肢:ツール活用
1、ECサイト運営代行サービスとは EC運営代行サービスとは、Amazon・楽天・shopifyなどのECモールや自社ECサイトの運営業務を外部の専門業者に一部または全てを委託できるサービスであります。委託範囲は商品登録、ブランド認知拡大、商品企画、データ分析、広告運用、物流管理などEC業務を幅広く対応できていますが、業者によって業務範囲が異なります。
2025年現在、このサービスは単なる作業外注にとどまらず、売上拡大と事業成長を目的に、戦略立案から実行・改善までを伴走型で支援する総合サービスへと進化しています。社内の人員不足やノウハウ不足がある場合、専門知識を持つプロに委託することでリソースを解放でき、効率的かつ成果につながる施策を実行しやすくなります。結果として、売上向上、運営成功のスピードアップを図れる点が大きな魅力であります。
2、EC運営代行を活用するメリット・デメリット
メリット 1、専門知識とノウハウを即時活用 EC運営では、商品登録、在庫管理、広告運用、SEO、顧客対応、市場調査など多岐にわたる業務が同時並行で発生します。新しく専門の担当者を育成したり、自社がゼロから仕組みを整えたりすると、知識の習得や失敗を重ねる期間がどうしても必要になるだろう。一方、運営代行会社には「即戦力」が既に備わっています。2、プラットフォームの最新ルール・トレンド 専門の代行業者さんはAmazonや楽天市場などのアルゴリズム変更、仕様変更などを常にキャッチアップでき、危険のアカウント停や閉鎖などに経験もあります。つまり、「解決力」持っています。3、売上を伸ばすための実践ノウハウ 日々多数のショップや商品を扱う中で成功・失敗事例から蓄積してきたその経験は体系化されております。市場に対しての敏感度と経験値を基に、会社状況によってどのようなキーワードが成約を生み、どんな広告配分が効果を高め、どのタイミングでレビュー施策を打つべきかをプロ業者がより強くサポートできます。4、人材採用・コストを抑える EC運営を自社だけで完結させようとすると、商品登録やSEO、広告運用、顧客対応などを担う人材を採用し、さらに教育しなければならない。採用費、給与、研修期間中の生産性低下など、時間とコストが重くのしかかります。運営代行会社を活用すれば、すでに専門スキルを備えたチームが業務を担当するため、こうした初期投資を大幅に削減できますし、社内で新たな部署を立ち上げる必要がなくなります。 要するに、自分が得意な領域で集中し、不得意な領域を専門のプロに任せる形はおすすめです。特に市場環境が変化しやすいEC業界では、「タイムロスを減らすこと」そのものが競争優位につながります。
*自社で人員を雇ったほうが安くなるケースもありますので、ちゃんと自社状況と合わせて検討してください。
デメリット 1、パートナー選びは簡単なことではない EC運営代行は便利な一方、どの業者を選ぶかで結果が大きく変わります。実績や専門領域、担当チームの体制を十分に調べずに契約してしまうと、期待した改善が得られず、費用対効果が下がったりと逆効果になることもあります。 契約中、外部人員とのコミュニケーションには、意思疎通の頻度、報告の粒度、KPI設定など明確なルールも欠かせません。これが不十分だと「要望が正しく伝わらない」「作業優先順位がずれる」といった摩擦が生じやすく、広告運用や商品ページ改善のスピードも落ちやすいです。
2、代行費用(コスト)が負担になる可能性も 自社の売上が安定しない初期フェーズでは固定費が重くのしかかり、利益を圧迫する恐れがあります。成果報酬型であっても、一定ラインを超えると費用が急増する仕組みもあり、契約形態をよく理解しないまま導入すると予想以上の出費になります。
一定規模以上の売上を持つ企業では、社内に専任担当者を雇った方が総コストが低い場合があります。社内人材は経験を蓄積できるため、長期的には運営効率の向上とノウハウの蓄積につながります。代行費用が高まる状況では「この投資は本当に回収できているのか」を定期的に検証しましょう。
3、効果測定を明確にしないと 代行会社が行った施策の効果を数値で切り分けるのは容易なことではありません。市場動向や競合の動き、シーズナリティなど外部要因も売上変動に影響するため、「代行が本当に成果を出しているのか」を見極めるには明確な指標設定と継続的な分析が欠かせません。 また、期待のキャップも注意してください!「代行を使えばすぐに売上が伸びる」という過度な期待を抱くと、思うような成果が出なかったときに不満が大きくなります。
3、EC運営代行を契約する前、確認しておきたい7つのポイント
サービス範囲(商品登録/ページ制作/広告運用/カスタマーサポートなど) 得意なモール・プラットフォーム(楽天、Amazon、自社EC など) 実績と専門分野の有無 契約最低期間・解約条件 KPIの設定方式 コミュニケーション体制 セキュリティ・コンプライアンス
4、利用料金体系の種類
1. 月額固定型 - 内容:毎月一定額を支払う。運営代行の範囲(商品登録・在庫管理・カスタマー対応など)を事前に相談する必要がある - 特徴:コストが一定額なので、予算管理がしやすい - 注意点:売上が上がっても、費用が変わらないため、成果連動を期待する場合には不向き
2. 成果報酬型(売上歩合) - 内容:一定の比率で売上の一部を報酬とする - 特徴:成果が出なければ支払いも少なく、パートナーと利害を一致させやすい - 注意点:成果定義や計算式を明確にしないとトラブルになりやすい。売上規模が大きくなるとコストが跳ね上がる
3. 初期費用+月額型(ハイブリッド)- 内容:固定報酬と成果報酬を併用する - 特徴:初期構築にリソースが必要な場合に多い。中長期契約を前提にしやすい
4. プロジェクト単位・スポット型- 内容:商品ページ改善、広告運用設定、季節キャンペーンなど一時的な案件ごとに見積もり - 特徴:必要なときだけ依頼できる。コスト管理がしやすい
5. 従量課金型(作業件数ベース)- 内容:商品登録1件○円、画像加工1枚○円、カスタマー対応1件○円など - 特徴:作業量に比例した支払い。小規模ECや特定業務のみ依頼したいときに便利 - 注意点:全体運営の改善提案までは含まれないことが多い
6. コンサル+成果報酬型- 内容:コンサルティング費用の固定と成果報酬の組み合わせ - 特徴:戦略提案・運用実務の両方を含み、パートナーと利益を分け合う形 - 注意点:契約条件・成果計算式を慎重に設定する必要がある
5、おすすめEC運営代行業者一覧 今回は、サービス範囲や得意分野によって、ご紹介するEC運営代行会社は主に2種類があります。
一、総合型(フルサポート型) ECモール(Amazon、楽天、Yahoo!ショッピングなど)や自社ECサイトの運営全般を一括で代行します。 商品登録、画像・ページ制作、SEO、広告運用、物流連携、カスタマーサポートまで対応でき、「丸投げ型」とも呼ばれ、社内にEC担当者がいない企業に向いています。
1、株式会社Wacworks
株式会社Wacworks は、Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピング・Qoo10といった主要ECモールを対象に支援サービスを提供し、120店舗以上のコンサルティングに携わってきた実績を持っています。ECモールでの売上拡大を目的とした施策立案から運営代行まで幅広く対応し、事業者の成長を加速させるサポートを行っています。 また、代表の舟瀬氏が運営するYouTubeチャンネルでは、EコマースやD2C事業者に向けて実践的なノウハウを発信している点も特徴的です。契約前の段階から「どの施策をどのくらいの期間で実施するのか」を明確に提示し、途中経過や成果測定の結果をしっかりと報告する透明性の高い運営スタイルによって、安心して依頼できるパートナーです。
料金体系
要問い合わせ
契約期間
最低契約期間は 3 ヶ月;推薦は 6 ヶ月〜 12 ヶ月程度
お問い合わせ:https://wac-works-ec.jp/
2、株式会社Finner(フィナー)
株式会社Finner (フィナー) は楽天出身の代表が立ち上げたEC運営のプロフェッショナル集団です。自社ECの制作・楽天市場/AmazonなどのECモールの出店から、その後の戦略立案および運用代行、コンサルティングまで幅広くサポートしています。サポート開始からわずか3ヶ月で売上3.5倍(月商300万→1,050万)を達成した事例などを含めて所属コンサルタントの延べサポート企業数は1,000社を超えている企業です。 Tableau等のBIツールやX、Instagram等の各種SNS活用のほか、独自の12指標による分析で「売れない・利益が出ない原因」を数値で特定し、定期的な面談やレポートで対応できるのが特徴です。さらに、CRM(SFA)を活用して顧客情報を可視化し、消費者の行動や嗜好に沿った施策を実行できるため、B2B・B2Cを問わず短期間で売上拡大の仕組みを整備し、効率的にEC事業の成長を支援することが可能です。
料金体系
業務範囲に応じて費用が異なります
契約期間
最短 1 ヶ月契約から可能
お問い合わせ:https://finner.co.jp/
3、株式会社idiom
株式会社idiom は楽天市場・Yahoo!ショッピング・Amazon・Shopifyなど主要モールから自社ECサイトまで、数百店舗の立ち上げ・運営を支援してきた実績を持ってきた代行業者です。リスク0!完全成果報酬型の代行サービスを提供し、売上向上・店舗構築・バックオフィス代行・WEB/DTP/動画制作まで幅広く対応。経済産業省認定のIT導入支援事業者としても信頼を得られています。
運営実績は10年以上、取引社数120社以上、継続率94%以上と高水準。Yahoo!ショッピングベストストアアワード部門賞など受賞実績も豊富です。強みは丁寧なコミュニケーションと一気通貫のサポート体制です。さらに英語に堪能なスタッフが在籍しており、海外進出を見据えたEC展開も安心して任せられます。
料金体系
成果報酬型 5% ~ ( 固定費用での契約も可能 )
契約期間
月間契約は可能
お問い合わせ:https://idiom-inc.co.jp/
4、ジャグー株式会社
ジャグー株式会社 は、主に楽天市場・Yahoo!ショッピング・Amazonに向け、ECサイトの立ち上げから販売・運営まで一気通貫で支援するEC運営代行会社です。業務範囲は販売戦略設定から、運用、受注・出荷対応、カスタマーサポートなど多岐にわたり、EC事業者の負担を大幅に軽減する体制を整えています。
実績として、楽天SOYを受賞し、Yahoo!ベストストア受賞数が国内最大級であり、売上拡大、利益改善、継続的な成長を重視したサポートを提供。
料金体系
業務範囲に応じて費用が異なります
契約期間
1 ヶ月から可能
お問い合わせは:https://jagoo.co.jp/
5、株式会社pureflat
株式会社pureflat は、ECサイト運営代行とコンサルティングを一気通貫で提供する総合支援パートナーです。Amazon、楽天市場、Yahoo!ショッピング、Qoo10といった主要モールはもちろん、自社ECサイトにも対応。集客からサイト構築・運営までをワンストップで支援し、多言語対応によるグローバル展開もサポートできるのが特徴です。
サービス領域は、ECサイト制作・更新、商品登録・発送代行、顧客対応、メルマガ制作・配信、広告運用、SNS運用、バナーやLP制作、コンサルティングまで幅広くカバー。さらに、商品ページ作成やイベント施策など売上拡大に直結する取り組みも手掛け、事業者の成長を総合的に後押しします。
お問い合わせは:https://pureflat.co.jp/
6、株式会社GROOVE
株式会社GROOVE は、メーカー創業のD2C専門コンサルティング会社です。EC全体戦略からマーケティング支援までワンストップで対応し、Amazonを中心に楽天や各種EC・メディアチャネルでの販売を総合的にサポート。市場調査・広告運用・商品企画・データ分析など、売上拡大に直結する幅広い業務をカバーし、とりわけAmazon運営代行や内製化支援に強みを持っています。
代表は元Amazon社員で、豊富な知見を基に実践的なコンサルティングを展開。セミナーやブログ発信に加え、フォロワー5万人を超えるYouTubeチャンネルを通じて最新のECノウハウを共有しています。多数のベストセラーを生み出した実績を誇り、Amazon AdsパートナーおよびAmazon SPNにも認定。信頼性・実績・革新性を兼ね備えた、ECセラーにとって心強い伴走型パートナーです。
お問い合わせは:https://grooveinc.jp/
7、株式会社いつも
株式会社いつも は、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・自社EC・SNS×ECといった幅広い領域をカバーし、ECセラーの売上アップを支援する会社です。コスメ・日用品・食品・アパレル・ヘルスケアなど多様な業種で実績を積み上げ、累計契約案件数は14,000件を突破。
サービスは、コンサルティングからプロモーション、SNS企画、サイト制作・運用、物流代行、海外販売、人材育成までワンストップで提供。売上改善やリソース不足などの課題解決に加え、セミナーやブログを通じて最新のECノウハウを継続的に発信し、信頼性の高いパートナーとして支持されています。
お問い合わせは:https://itsumo365.co.jp/
8、NE株式会社
NE株式会社 は、ECサイト・ネットショップ向けに、豊富なデータとノウハウを活かしたECコンサルティングおよび運営代行サービスを提供しています。業界専門メディア「ECのミカタ」のEC業界相関図に4年連続掲載され、さらにEC支援企業BEST100ではECコンサル部門を受賞するなど、その実績と専門性が高く評価されています。
サービス領域は幅広く、TikTok Shop運営支援、商品ページ制作、商品登録代行、RPP広告運用、Amazon広告運用、楽天SEO対策など、EC運営に必要な業務を網羅。事業者の課題に合わせて、売上拡大と効率的な運営を実現する総合的なサポートを行っています。
料金体系
業務範囲に応じて費用が異なります
契約期間
12 ヵ月契約が中心;月単位も可能;一部は要問い合わせ
お問い合わせは:https://consulting.ne-inc.jp/
9、FORCE-R 株式会社
FORCE-R 株式会社 は、自社ECや楽天・Amazonなど特定のECモールに課題を抱える事業者向けに、売上改善やリソース不足、特定施策の課題解決をサポートしていきます。業務範囲は、ECサイトやモールのSEOコンサルティング、SNSや広告運用、ECサイト制作、消費者口コミ分析など幅広く支援しています。 強みは調査モニターを活用し消費者の声を施策に反映できるという点です。また、サイト内では、最新のECニュース、動画や50万人のモニターを活用した消費者目線の数値測定調査レポートも発信しております。
料金体系
業務範囲に応じて費用が異なります
契約期間
原則 1 年のご契約
お問い合わせは:https://force-r.co.jp/
10、株式会社 a general studio
株式会社 a general studio(AGS) は、楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピング・Shopifyをはじめとするモールと自社EC運営を一気通貫で支援するECマーケティング企業です。商品ページ最適化やSEO対策はもちろん、SNSを活用した集客・プロモーション、さらにモール別の広告の効果的な活用まで幅広く対応し、売上向上とブランド価値の最大化を実現します。
特に広告運用においては「一律のマージンモデル」を廃止し、成果報酬型、コンサル型、固定費型など柔軟な費用を設計します。初期投資を抑えたい企業から安定した運営を求める企業まで、お客様の希望に合わせて柔軟に対応可能です。agsは単なる運用代行ではなく、細かな効果検証とデータに基づく改善を重ねることで、無駄なコストを削減しつつ、お客様にとって本来の目的である「利益拡大」を着実に支援するパートナーであり続けます。
お問い合わせは:https://ageneralstudio.com/
11、ネットショップ総研
ネットショップ総研 は、サイトに特化した運営代行・コンサルティング会社です。戦略や運営時間、人員が不足している店舗に対し、売上向上の最短ルートを分析・研究し、ノウハウのない事業者にも効果的なECコンサルティングを提供します。
具体的な業務範囲は、商品企画立案、価格設定、販促手法の提案、SEO対策を含む商品ページ制作・更新、在庫管理や受注処理、顧客対応、さらに卸拡販サポートまで幅広く対応。また、人材育成にも注力しており、現場での出張指導研修やEC人材研修サービスも展開しております。
料金体系
EC 運営代行料金は「基本料金 + 歩合」、初期費用なし
契約期間
要問い合わせ
お問い合わせ:https://www.zonexpert.co.jp/
12、株式会社サイバーレコード
株式会社サイバーレコード は、Amazon・楽天市場・Yahoo!ショッピング・自社ECサイトなどに対応し、EC運営全般を支援する企業です。戦略的な販売計画の立案から出店準備、店舗の運営、広告運用、データ分析、物流管理まで一気通貫でサポートし、クライアントの長期的な成長を後押しします。さらに、越境ECの運営代行にも国内製品の海外市場進出や販路開拓をサポートしております。
加えて、自治体向けにふるさと納税関連の運営代行にも注力しており、ECと地域活性化の両面から価値を創出するパートナーとして活躍しています。
お問い合わせ:https://www.cyber-records.co.jp/
二、モール特化型(Amazon対応) 特定のモールに強みを持つ代行会社を指します。例:楽天市場専門の運営代行、Amazon専門のコンサル・代行など。各モールの独自ルールやアルゴリズムに精通しているため、売上最大化に有利です。
1、アグザルファ株式会社
アグザルファ株式会社 は、国内Amazonだけでなく、海外Amazonの運営サポートも提供するEC運営代行・コンサルティング会社です。得意領域はAmazon内のSEO対策、商品ページ最適化、新規商品登録、競合分析による差別化、売上分析、効果測定、販促施策、広告運用まで、Amazon運営に必要な業務をトータルでサポートします。特徴は、元Amazon社員さんが設立した会社なので、Amazonを中心にして豊富な実績を持って代行サービスを展開していきます。
2011年にコンサルティング事業を開始し、Amazon内での優れた成果が評価され、優れた実績を背景に、クライアントが安心して売上向上施策や広告運用を任せることができ、効率的な事業拡大を実現していきます。
お問い合わせは:https://www.axalpha.com/
2、株式会社そばに
株式会社そばに は、Amazonに特化したコンサルティング会社です。10年間にわたり培った独自のメソッドをもとに、Amazonセラーの売上拡大を支援してきました。アカウント運用代行、広告運用、商品ページ制作、越境販売など、Amazon販売に必要な業務を幅広くカバーし、Amazon AdsパートナーおよびAmazon SPNの公式認定も取得しています。
さらに、公式ブログでは最新のAmazonアルゴリズム変更への対応策や、実際の運営経験に基づく最適化事例、売上を伸ばすための実用的なノウハウを継続的に発信。こうした知見共有の積み重ねこそ、そばにの高い専門性と信頼性を裏付けています。
料金体系
プラン内容に応じて費用が異なります
契約期間
12 ヵ月契約が中心;月単位も可能;一部は要問い合わせ
お問い合わせは:https://sobani.co.jp/
3、株式会社しるし
株式会社しるし は、Amazonに特化したコンサルティング会社です。ブランドの信頼できるパートナーとして、ECモールにおける目標設定から戦略設計、実行までを一気通貫で支援。業務範囲はAmazon戦略設計、商品ページ改善、レビュー管理、広告運用(Amazon DSP)、転売対策など幅広くカバーしており、持続的な成長と売上拡大をサポートしていきます。
特徴として、相乗り出品や転売といった判断が難しい課題にも最適なアドバイスを提供でき、必要に応じて訴訟対策までも対応可能です。Amazon AdsパートナーおよびAmazonパートナー・エージェンシープログラムの認定を受けており、実績に基づく専門的なノウハウでリソース不足に悩む企業に対しても提案から実行まで伴走する代行会社です。
お問い合わせは:https://shirushi.co.jp/
4、アマプースト
アマプースト は、Amazonに特化した運営支援会社で、SEO対策や商品ページ最適化、新規商品登録、競合分析・差別化、販売戦略の立案、売上分析、さらにはアカウント凍結対策まで幅広い業務をサポート。Amazon内で売れる商品画像の撮影・加工も代行し、ビジュアル面から販売力を強化します。さらに、1社様につき3名体制以上で運用代行を行うのが特徴です。
また、「Amazonパートナー・エージェンシー Goldパートナー」や「Amazon SPN公認サービスプロバイダー」の認定を受けており、確かな専門性と信頼性を兼ね備えています。これまでに300社以上の売上拡大を実現してきた実績を持ち、成果報酬型の料金体系を採用することで、無駄なコストをかけずに成果に直結するサポートを提供します。
料金体系
成果報酬型 Or 月間費用
契約期間
要問い合わせ
お問い合わせ:https://www.zonexpert.co.jp/
6、代行以外の選択肢:ツール活用
ECサイト運営を効率化する方法は、外部に委託する「運営代行」だけではありません。もう一つの有力な手段が、自社で「ツール」を活用して運営を最適化していく方法でもあります。 近年は、商品リサーチ、在庫管理、SEO対策、広告運用、レビュー分析など、EC事業者の課題を解決するSaaS型のツールが数多く登場していますが、これらを導入することで、”感覚”ではなくデータに基づいた判断ができて、少人数のチームでも効率的に作業できます。 セラースプライトというAmazonセラー向けに特化したリサーチ&分析ツールは多くの日本の方に利用されています。現時点では(執筆時点:2025年9月)、全世界で150万人の登録者を突破しました。
セラースプライトができること:
- キーワードの検索需要や競合状況を数値で把握できる - データに基づいて効果的な商品タイトルや広告戦略を立案できる - 売れる商品を効率的にリサーチ・選定できる - ライバル商品の売上推移やレビュー動向を追跡できる - 競合分析を通じて差別化ポイントを簡単に発見できる - 在庫変動やランキング推移をモニタリングし、販売機会の損失を防げる - 市場参入の難易度をデータに基づいて判断できる
このように、ツールを活用するメリットは多い: - コスト効率:低コストで導入でき、日々の運営作業を効率的に進められる - 自社ノウハウの蓄積:データを直接扱いながら分析・改善を繰り返すことで、社内に知識や経験が積み重なる。 - スピード感:リアルタイムで市場や競合の情報を把握し、素早く施策を打てる。 EC運営にはツールと代行の両方に役割がある。代行業者は専門チームによる実務代行や戦略立案で安心感をもたらし、リソース不足の会社にとって大きな支えとなれます。一方で、セラースプライトのようなツールは、データに基づいた判断を可能にし、スピードとコスト効率、そして自社にノウハウを蓄積できるという点で優位性も持っています。 だからこそ、代行を上手に取り入れながらも、ツールを積極的に活用することが、これからのEC運営において成果を最大化する最適なアプローチとなるだろう。